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CEO免疫基因对和生存时间进行合并

时间:2020-09-24 14:08来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
将CEO数据库免疫基因和生存时间进行合并,可以得到合并后的文件,用于做后续的预后分析。

CEO免疫基因对和生存时间进行合并

在上一篇文章中我们将TCGA数据库免疫基因对和生存时间合并了,接下来我们要将CEO数据库免疫基因和生存时间进行合并。
同TCGA相似,CEO免疫基因对与生存时间合并后也可以得到这样一个表格

它的第一列是样品名,第二列是生存时间,第三列是生存状态,然后是所有免疫基因对的状态。 (在这里要注意,我们下载的生存时间的单位要统一成“年”,如果没有统一,在运行脚本的时候可能会出现问题)

下面具体操作:
要准备的输入文件有GEO免疫基因对的矩阵,以及GEO的临床数据文件,然后就是脚本文件。

 

我们先要对GEO的临床数据文件进行整理,删除其中我们不需要的信息,只留下样品名,生存时间和生存状态三列信息(如下图),然后将这三列信息拷贝到一个txt文件中。
 

准备好了这些后,通过运行脚本文件,我们就可以得到合并后的文件。


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